Su deceso se produce apenas 4 días después de cumplir los 64 años, a causa de una larga enfermedad que lo obligó a tomar licencia médica. Con su muerte se abre una etapa de reacomodamientos en la Justicia y en particular en Comodoro Py.
Pese a que su pliego para ser juez federal en lo Criminal y Correccional de Morón fue aprobado por el Senado en 1993, Bonadio nunca asumió el puesto y pocos meses después ingresó en Comodoro Py luego de que el entonces presidente Carlos Menem ampliara a doce la cantidad de juzgados de primera instancia.
En 1996, el exministro Domingo Cavallo lo nombró como parte de un grupo de jueces que beneficiarían al presidente Menem, nombres los cuales le habría escrito Corach, en una servilleta. El economista afirmó que vio y escuchó cómo el hombre de confianza del entonces presidente le pedía a Bonadio que archivara una causa suya por presunto enriquecimiento ilícito. En la mencionada servilleta se nombraban a una cantidad de jueces preparados para actuar según las órdenes y necesidades políticas de Menem, además de Bonadio también figuraban otros jueces como Jorge Ballestero y Rodolfo Canicoba Corral.
Entre las causas que llevó adelante durante el gobierno de Menem se destacan la causa AMIA sobre el atentado en la mutual judía; el caso PAMI donde se acusaba de corrupción a su entonces interventor, Víctor Alderete y el caso de los préstamos irregulares obtenidos por la Curtiembre Yoma.
Durante la presidencia de Menem tuvo que afrontar denuncias judiciales por “cajonear” causas contra exfuncionarios y amigos del poder. Varias veces fue sancionado por la Cámara Federal por no permitir a los acusados y sus abogados el acceso a sus expedientes. Asimismo, dos salas de la Cámara Federal lo sancionaron varias veces por arbitrariedad, por las mismas razones.
Bonadio fue un juez con juego propio en la política local, cercano a los gobiernos de turno. Sin embargo, durante el último tramo del gobierno de Cristina de Fernández de Kirchner, y especialmente en tiempos de campaña cuando el ahora expresidente Mauricio Macri se lanzó, se dedicó casi exclusivamente a motorizar causas en contra de funcionarios K.
Era el juez a cargo de las causas más importantes contra Cristina Fernández, su familia y funcionarios. Entre estas se encuentran la causa Hotesur (2014) sobre presunto lavado de dinero de sobornos y la causa de los cuadernos (2018) donde se investiga sobre presuntos sobornos en la obra pública.
