Fue hallado muerto en su departamento de la torre Le Parc, en la calle Azucena Villaflor 450, en el barrio Puerto Madero, apenas horas antes de la declaración que pensaba realizar ante el Congreso por su denuncia de un plan del Gobierno para dejar libres a los iraníes acusados por el atentado.

El cuerpo del fiscal especial del caso AMIA fue hallado en el baño de su casa. En la cabeza tendría un agujero de bala de calibre pequeño. Nisman tenía asignados para su protección a diez efectivos de la Policía Federal. Ellos informaron que el viernes lo dejaron en su casa y el sábado no salió. Recién había pedido que lo fueran a buscar este domingo. Pero cuando llegaron a recogerlo, la custodia no encontró respuesta en su departamento. Como no lograban hablar con el fiscal, llamaron a su madre, quien fue la que ingresó al departamento y halló el cuerpo, de acuerdo a lo que informó la fiscal Viviana Fein pasadas las 4 de la mañana.

Sobre el escritorio de Nisman habrían encontrado el expediente y parte de la documentación que el fiscal preparaba para presentar este mediodía ante la Comisión de Legislación Penal de la Cámara de Diputados. Fuentes policiales adelantaron a Infobae que en el departamento hallaron un arma calibre .22, una bala y una vaina. Nisman estaba autorizado por el Registro Nacional de Armas (Renar) para portar una pistola calibre .38 y otra .22, aunque por el momento se desconoce si es la misma que fue encontrada en el lugar.

De acuerdo con las primeras estimaciones, la muerte se habría producido durante la mañana del domingo. Pasadas las dos de la madrugada, desde el gobierno nacional ya se hablaba de un "posible suicidio".

El secretario de Seguridad, Sergio Berni, el jefe de la Policía Federal, Román di Santo, y la fiscalFein estuvieron en el edificio, ubicado en Azucena Villaflor y Aime Paine; mientras Gendarmería estableció un cerco perimetral en los alrededores donde también había personal de la Unidad Criminalística Móvil, de la Unidad Médica Forense, Prefectura y Same.